Tiel a écrit :Ils n’ont pas seulement pas exactement les mêmes yeux ils ont des yeux dépourvu d’une contrainte structurale pour le moins malvenue, présente uniquement chez les vertébrés. Dire que cette différence n’a aucune importance c’est volontairement fermer les yeux sur un point pourtant important et démonstratif en matière de phylogénie ainsi qu’en matière d’Évolution au sens plus large.
En effet cette contrainte pour le moins illogique des yeux des vertébrés démontre assez bien que même un fond homologique commun peut mener à des contraintes différentes qui peuvent qui plus est ne pas être efficiente du tout.
Ce qui est en débat ici, c’est la convergence évolutive. Tu peux t’arrêter sur l’exemple de l’œil, il y en a des centaines d’autres qui ont été regroupés par Simon Conway-Morris dans son livre « Life’s Solution ».
Concernant l’œil, ce qui pose problème au darwinisme n’est pas son apparition, mais la multiplication des apparitions d’un œil perfectionné ayant LA MEME STRUCTURE que la nôtre, dans des lignées bien trop primitives pour avoir besoin de quelque chose d’aussi perfectionné. C’est comme si « quelque chose » dans la nature incitait la structure « œil de vertébré » à se manifester, même là où elle ne semble pas nécessaire, dans des phylums où il existe des ancêtres pourvus d’yeux différents donnant toute satisfaction.
Mais prenons d’autres exemples : selon certaines estimations (Simon Conway-Morris, « Life’s Solution »), la viviparité est apparue indépendamment des centaines de fois, et peut-être bien plus encore (l’inventaire de la biodiversité est encore très incomplet, en particulier dans les groupes ovipares où la viviparité se manifeste sporadiquement), chez différentes espèces de poissons, de serpents, d’amphibiens, de scorpions, de coléoptères et de pucerons.
L’endothermie existe également chez les oiseaux ainsi que chez certains poissons, y compris les requins, et même chez des insectes. Il ne s’agit donc pas seulement des yeux à cristallins et rétines. Certains caractères mammaliens tendent eux aussi à se réaliser dans la nature.
Autres exemples : les taupes et les rats taupes ont convergé vers les mêmes formes et les mêmes adaptations sur tous les continents. 150 genres différents ont convergés vers des solutions identiques à travers le monde. C’est d’autant plus intéressant que parmi ces 150 genres se trouvent des taupes marsupiales dont l’ancêtre commun avec les taupes européennes ou américaines remonte à plus de 70 millions d’années et n’était, bien-sûr, pas une taupe…
Alors tu vas peut-être me répondre que c’est simplement l’adaptation qui a provoqué, dans des conditions identiques, des résultats identiques. Mais alors dans ce cas, « les routes de l’évolution sont nombreuses mais les destinations sont limitées » comme le dit Conway-Morris. Si dans des conditions identiques, les mêmes solutions apparaissent partout et toujours, comment peux-tu continuer à prétendre que l’évolution est imprédictible et qu’elle est dominée par la contingence ?
Je préfèrerai que l’on se penche sur ce que Conway-Morris appelle l’ « attracteur étrange ». On prend une formule mathématique permettant de faire évoluer un système en le faisant passer d’un point à un autre. A court ou à moyen terme, l’évolution de ce système est totalement désordonnée, et toute prédiction est impossible. Mais dans le très long terme, son évolution converge vers une structure particulière.
Si l’on dessine la succession des points produite par la formule mathématique, on obtient de très jolis dessins, comme des ailes de papillon ou des cristaux de neige. Et encore mieux, le même résultat final peut être atteint en partant de toute une série de points différents.
La réalisation de structures très complexes comme l’œil dans des lignées différentes, et plus encore chez des organismes qui semblent ne pas en avoir besoin, fait dire à Conway-Morris qu’une nouvelle biologie est nécessaire et qu’elle à un niveau plus profond que l’actuelle pour comprendre comment l’évolution peut naviguer vers ces fameuses formes stables qui pourraient être prédéterminées depuis le Big Bang.
Tu devrais lire son dernier livre (« Life’s Solution ») ; Conway-Morris y rapporte des centaines d’exemples de convergence de ce type. A la fin le livre comprend non seulement un index général, mais aussi un index des convergences qui contient plus de 400 entrées, et qui est loin d’épuiser le sujet.
Tiel a écrit :Tout d’abord les gènes Pax constituent une catégorie distincte des gènes Hox, cela nous dit beaucoup dans le développement et donc l’origine des yeux puisque par exemple le gène Pax-6 influe sur l’expression de nombreux gènes impliqué dans le développement des yeux. Le fait que les mêmes gènes maîtres soient ainsi impliqué dans le développement des yeux des arthropodes, mollusques et vertébrés n’est pas le simple fruit de pression sélective commune mais que leur apparitions communes a pu être le fruit de ce que Stephen Jay Gould appellerait une « contrainte positive » c’est-à-dire une caractéristiques rendant potentiellement possible l’Évolution de plusieurs types de yeux à partir de structures initiale bien plus simples. Plusieurs publications se sont intéressé à ce fond homologiques commun et de son importance dans l’Évolution des yeux comme par exemple celui-ci Role of Pax genes in eye evolution: a cnidarian PaxB gene uniting Pax2 and Pax6 functions parmi d’autres.
Je me suis renseigné. Le gène pax-6, qui est responsable de la formation de l’œil, contrôle le fonctionnement d’environ 2500 gènes qui contribuent à la formation de l’œil. Walter Gehring (le découvreur de pax-6) a pu obtenir une mouche avec 18 yeux supplémentaires situés sur les pattes, les ailes, et même au bout des antennes, en dupliquant ce gène et en l’insérant à divers endroits du génome de la mouche.
Et encore plus extraordinaire, en prenant le gène pax-6 de la souris et en le mettant à l’endroit adéquat dans le génome de la mouche, il est, lui aussi, capable d’entraîner la formation d’un œil de mouche (et non d’un œil de souris) !
Bon, si j’ajoute à cela le fait qu’un humain compte à peine 30 000 gènes (autant qu’un grain de riz), il est clair qu’il n’y a pas assez d’informations dans notre génome pour contenir la « recette » de construction d’un être humain. En plus, la grande majorité de notre génome est constitué d’ADN neutres qui ne semblent pas (a priori) participer à la construction de l’organisme.
Du coup, la situation est beaucoup plus complexe que prévu. Il n’y a pas un gène pour un organe ou pour une caractéristique de l’organisme. Un gène peut contribuer à la formation de plusieurs organes différents, et les instructions pour la réalisation d’un organe peuvent être éparpillées dans de nombreux gènes.
La quantité d’information contenue dans 30 000 gènes est toutefois loin d’être suffisante pour produire un humain. La question est : d’où vient le reste de l’information nécessaire ?
Tiel a écrit :Sinon oui c’est grossomodo la même chose avec les segments communs entre arthropodes en vertébrés mais cela n’entre pas en opposition ni avec ce que tu appelles ici du «fonctionnalisme» ni même avec la contingence, à ce titre j’y revient plus bas. Mais note déjà ceci, le fond homologique commun a été sélectionné et n’annule pas la possibilité d’innovations différentes au sein de lignées différentes ce qui est le cas. Par exemple tu peux dire que dans un sens les vertébrés sont arthropodes retournés, c’est une façon amusant de rappeler leur fond homologiques communs en matière de segmentations, mais malgré ce fond homologiques commun les arthoropodes et les vertébrés ont énormément divergé et on développé des innovations morphologiques et adaptatives très différentes et nul doute que leur diversification a également été contingente.
L’évolution est un algorithme, et il ne serait pas choquant qu’un algorithme n’ait qu’une seule solution, ou seulement un petit nombre de solutions. Mais le darwinisme ne peut accepter l’idée que les formes fonctionnelles stables que peuvent prendre les êtres vivants, voire certaines des sous-structures qui les composent, soient déterminées par le Big Bang. C’est pourtant ce que la convergence nous montre.
Tiel a écrit :Ce n’est pas qu’il n’a pas osé remettre en cause les mécanismes darwiniens (donc la sélection naturelle et le rôle important que celle-ci tient dans l’Évolution), c’est simplement qu’il n’a pas nié leur évidente importance.
L’approche structuraliste soulignée par Stephen Jay Gould n’enlève rien au caractère contingent de l’évolution en fait c’est même plutôt le contraire sachant que les contraintes peuvent apparaitre par simple Évolution neutre c’est-à-dire de manière totalement aléatoire. De plus les contraintes peuvent également être le fruit d’adaptations antérieures donc également au final, des fluctuations du milieu.
Mais ce n’est pas tout Stephen Jay Gould a employé dans son fameux livre La structure de l’évolution un terme intéressant qui peut presque sembler un oxymoron mais qui est en fait à mettre en lien avec la notion d’exaptation et qui s’intègre à dans une approche structuraliste, il s’agit du terme de «contrainte positives» ou parfois aussi renommé de «réserve exaptative». C’est un point des plus intéressants qui souligne le fait que certains changements peuvent ouvrir plusieurs voies possibles en matière d’évolution. Par exemple les gène Pax ouvrent la voie à l’évolution indépendantes de différents types de yeux mais plus illustratifs étant par exemple l’évolution des membres des premiers tétrapodes qui par leur structures mêmes étaient susceptibles d’évoluer de multiples façon ce qui fut le cas. Idem pour le cas de protéines réutilisé à d’autres fonctions comme celles qui sont transparentes et qui furent récupérées dans l’évolution de l’œil.
L’approche structuraliste ne se caractérise donc pas que par des contraintes limitant les possibilités d’évolution en imposant un fort déterminisme à celle-ci, mais également par des changements adaptatifs ou non qui peuvent augmenter le nombre de voies évolutives possibles avec à la clef d’importantes diversifications dans les formes. Cela est donc totalement en faveur d’une évolution contingence surtout quand on rappelle le fait que la naissance et la persistance des contraintes sont elles mêmes tributaires de facteurs contingents. Ainsi par exemple le destin finale de la faune issue de l’explosion cambrienne s’est au finale soldé par la survit des chordés mais la disparition d’autres organismes aux contraintes structurales différentes il n’y a pas de raison de pensé que les choses n’auraient pas pu être différentes avec notamment la disparition des chordés et donc des créatures totalement différentes peuplant la terre.
La contingence dans l’histoire de la vie n’est pas démentie par l’approche structuraliste mais comme Stephen Jay Gould à lui-même brillamment illustrée, elle est contraire parfaitement compatible avec celle-ci et mieux encore l’explique en grande partie. L’approche plus structuraliste n’étant par ailleurs pas une négation du paradigme darwinien mais est simplement un paradigme supplémentaire à certes mieux intégré dans le domaine de la Biologie de l’évolution sans pour autant qu’elle se substitue aux autres paradigmes existant y compris donc le paradigme darwinien c’est-à-dire sélectif.
Concernant ce qu’on appelle les «macromutations» il s’agit en fait d’un qualificatif qui concernerait les mutations de grandes ampleurs mais cela ne doit pas être confondu avec la Théorie des équilibres ponctués qui concerne elle avant tout les spéciations sans qu’il y ait intervention de mutations d’un type habituelle, d’ailleurs c’est quoi une mutations de type inhabituel ? A partir de quel niveau de changement doit-on parler de «macromutation»? Que certaines mutations de type saltationnisme ait pu se produire n’a rien d’illogique ou d’impossible, d’ailleurs cela s’est déjà observé, certes la plupart du temps cela donnes naissance à des monstres malformé mais pas toujours. Parfois cela peut donner des vertèbres ou doigts en plus? Ou parfois cela peut donner lieu a une transformation radicale des pétales chez certaines plantes. Les études génétiques aillant également montré que les doigts des dinosaures théropodes, dont font partie les oiseaux, ainsi que les ailes des chauves-souris ont également pu connaitre ce genre de changement (bien que dans les doigts des dinosaures théropodes cela ne soit pas passer par des changements forcément très spectaculaire). Mais cela ne réfute nullement le paradigme darwinien (car ces changement doivent également être sélectionnés) ni même ne signifie que les grande transitions évolutive s’expliquent majoritairement par de pareilles changements.
C’est fou ça, les adaptationnistes sont extraordinairement adaptables ! J’ai pourtant vu comment le darwinisme a été amené à faire des prédictions fausses sur l’existence de gènes homologues chez des espèces séparées, à cause de la priorité donnée à la sélection par rapport à la structure et aux archétypes.
Gould a quand même modifié les trois grands piliers du darwinisme tout en continuant à se définir comme darwinien. Il a réhabilité le structuralisme par rapport à la contingence, il envisage l’évolution comme un processus irrégulier pouvant être rapide et discontinu, et il considère que la sélection s’effectue au niveau de l’espèce et non de l’individu.
Mais bon, quand je vois son dernier livre (« La structure de la théorie de l’évolution »), même si Gould met une limite à la réhabilitation du structuralisme en déclarant un « match nul » entre structuralisme et fonctionnalisme et en affirmant qu’on ne reviendra pas à l’époque où le structuralisme était dominant, il n’en critique pas moins fortement Darwin pour avoir passé sous silence tout un vaste pan de la biologie (« La structure de la théorie de l’évolution », p.363). Gould dit qu’il veut aider ses collègues à comprendre l’intérêt qu’il y a pour la théorie de l’évolution à mieux prendre en compte l’influence des contraintes structurelles et des lois de la physique (« La structure de la théorie de l’évolution », p.78).
Voilà donc un ouvrage où pendant plus de 1000 pages sur 2000, Gould va réhabiliter, au moins en partie, tous les tenants du structuralisme, tous ces grands oubliés de l’histoire de l’évolution, en insistant sur les notions de lois et de contraintes, et ce pour annoncer triomphalement, page 1714, qu’il n’y a justement pas de lois et que la contingence (c’est-à-dire l’absence d’une quelconque logique) est le mot-clé pour comprendre l’évolution ! Comment fait-il pour se contredire à ce point ?
Eh bien l’explication me paraît assez simple, et elle se résume en un mot : idéologie.
Gould est conscient du paradoxe de sa démarche, et il a posé un choix fondamental à la suite de ses débats avec Conway-Morris : soit les plans d’organisation existent en nombre limité, représentant des structures optimales qui doivent apparaître quelle que soit l’action de la sélection ; soit ils représentent seulement une solution possible parmi de nombreuses formes différentes.
Conway-Morris choisit bien-sûr la première solution, et Gould la seconde. Eh bien on peut dire qu’il s’est tiré une belle balle dans le pied ! Il essaie de dire que les lois de la nature permettent un grand nombre de formes ou de structures fondamentales ayant chacune des logiques différentes, et qu’au tout début de l’évolution, une sorte de tirage aléatoire a eu lieu, une loterie qui a déterminé les structures et les formes gagnantes qui allaient se développer, figeant ainsi l’évolution dans une voie particulière.
On peut bien-sûr postuler cela, mais alors on se retrouve de facto dans le camp antistructuraliste, celui où l’ensemble des êtres vivants et des formes possibles est extrêmement grand à défaut d’être illimité et où, donc, les lois de la nature, les structures et les contraintes ne jouent qu’un rôle secondaire.
Comme Gould comprend bien que ce n’est pas suffisant, il va insister sur le concept de « changement imprévu de fonction ». L’évolution serait globalement imprédictible parce que la plupart des organes changent plusieurs fois de fonction au cours de celle-ci. Mais, en poursuivant cet argument et en l’appliquant aux débats que Darwin a eu avec St-George Mivart, il note que cela l’amène à rejeter… le structuralisme de Mivart.
Il n’y a pas meilleure démonstration que, si bien évidemment il existe de nombreux cas de transfert de fonction pouvant jouer occasionnellement un rôle important dans l’évolution, en faire un principe majeur de celle-ci conduit de nouveau à nier au structuralisme un rôle de premier plan, c’est-à-dire à détruire tous ses efforts des 1700 pages précédentes…
Tiel a écrit :Pourquoi tu me parles d’«Avatar», tu fais références à la connerie que Jean Staune a pondu dans le monde? Comme l’avais dit un gus qui s’y connait plus que moi en matière d’Évolution Jean Staune est un entonnoir qui récupère et détourne tout ce qui peut selon lui, soutenir sa vision d’une Évolution partant dans une direction privilégié quitte à ce qu’il dise de sacrées conneries, tient en voici une parmi d’autres.
Vous savez que, d’après les darwiniens, l’évolution n’a pas de but ni la nature d’intention.
Pour eux, le vivant n’est pas vectorisé. Une Lynn Margulis, un Stephen J. Gould estiment que l’homme n’est finalement pas “plus évolué” que la bactérie qui ressemble aux mitochondries de nos cellules. Comment alors expliquer que, systématiquement, les grandes familles vivantes aient été remplacées par plus complexes qu’elles ? Pourquoi, à la disparition des grands reptiles, a-t-on vu les mammifères s’imposer, et pas les grenouilles - d’un strict point de vue de survie génétique, rien n’interdisait à la nature d’inventer “par hasard” des super grenouilles... sauf que cela ne s’est jamais produit. L’évolution a un sens. Ce que Teilhard de Chardin appelait la “tension vers oméga”.
Jean Staune
Non Monsieur Staune les humains ne sont en effet pas plus évolué que les bactérie qui par ailleurs n’ont nullement été remplacé par les familles d’êtres vivants les plus complexes, mieux encore les bactéries dominent toujours le monde du vivant si vous aviez lu Stephen Jay Gould correctement peut être éviteriez vous de dire des pareilles énormités.
Ah, les humains ne sont pas plus évolués que les bactéries ? Ne sont-ils pas pourtant dotés d’un cerveau comprenant des milliards de connexions qui lui permet de réfléchir à sa condition ?
Je connais une étude (Sarah J. Adamowicz, Andy Purvis, Matthew A. Wills, « Increasing morphological complexity in multiple parallel lineages of the crustacea », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 105, n°12, 25/03/2008, pages 4786-4791) qui dit explicitement le contraire. Les auteurs de l’article ont étudié l’évolution des crustacés sur une très grande période de temps. Ils ont sélectionné un certain nombre de caractéristiques comme la différenciation et la complexification des pattes et ont montré qu’une croissance de la complexité se manifestait au cours du temps, et ce non pas dans une lignée de crabes mais dans de nombreuses lignées parallèles.
Partant du postulat darwinien classique, selon lequel l’évolution serait un processus contingent et pouvant rarement être prédit et que les différentes lois, comme la loi de Cope, sont en général peu convaincantes, ils arrivent au résultat inverse : « Ces résultats fournissent une démonstration rare d’une tendance se déroulant sur une grande échelle et probablement dirigée, qui se produit dans de multiples lignées indépendantes et qui influence aussi bien la forme que le nombre des espèces, à des époques anciennes comme à l’époque actuelle ».
L’étude montre que cette tendance ne peut résulter d’une illusion, c’est-à-dire d’un phénomène aléatoire qui ne ferait que donner l’impression d’être dirigée sans l’être réellement. Et en plus, les extinctions elles-mêmes semblent contribuer à cette tendance. Lorsqu’un type nouveau apparaît, il est plus divers et plus complexe que celui qu’il remplace.
Staune ne fait que souligner l’évidence, et tu ne me feras jamais croire que ton comportement négatif vis-à-vis de lui n’est pas le fruit d’une idéologie. Tu n’es pas objectif s’agissant de Staune, j’aimerais que tu arrêtes les procès d’intention.
Tiel a écrit :Ah oui autre chose en quoi les mammifères se sont plus imposé que les grenouilles et les autres batraciens, mais plus généralement en quoi les mammifères se sont plus imposées tout court ? Par exemple quand vous dites Les grand reptiles ont disparus vous parlez notamment des dinosaures, n’est-ce pas? Et bien si je vous disais que les dinosaures ont question ont bel et bien vu émerger de super animaux volants et qu’il y a aujourd’hui environ deux fois plus de dinosaures que de mammifères? Quoi vous l’ignoreriez? Vous voyez pourtant probablement des dinosaures tous les jours, ah oui c’est vrai on les appelles les oiseaux et ils sont plus nombreux que les mammifères et sont donc les vertébrés terrestres les plus prépondérant. Alors le sens de le point oméga c’est qui les oiseaux, les mammifères, les insectes, les plantes ou les bactéries? Bigre en tout cas c’est sûr si il y une chose qui n’a aucun sens Monsieur Staune ce sont bel et bien vos présents propos.
Là par exemple, tu le prends délibérément pour un imbécile. Crois-tu que Staune est bête ?
Le sens du point oméga est bien évidemment d’aboutir à un être conscient de lui-même. Tu détestes tellement Staune que tu en arrives à raconter n’importe quoi pour le contredire. Si tu veux changer le mot « oiseau » par le mot « dinosaure », ne te gêne pas pour aller en parler à l’Académie française.
Tiel a écrit :Pour le reste Tan il n’y a pas à englober une vision darwinienne dans le structuralisme ou vice-versa, l’évolution peut très bien être darwinienne et structurelle en même temps, la biologie de l’Évolution a à prendre en compte ces deux dimensions qui ne s’opposent pas mais se complètent. Par ailleurs la contingence de l’Évolution est une réalité qu’on ne peut nier, j’ai déjà expliqué en quoi celle-ci est parfaitement compatible avec le structuralisme mais on peut également la constater par un simple regard sur le monde du vivant. Jean Staune à beau clamé haut et fort que l’évolution à un sens, ce n’est absolument pas le cas celle-ci part dans toutes les directions et se manifeste par diverse solutions adaptatives différentes sans aucune direction privilégiée.
L’idée d’une évolution ayant une direction déterminée ne tient pas que par la simple observation de la biodiversité actuelle et passée.
Je ne suis pas d’accord du tout. Le structuralisme s’oppose à la contingence. Soit la contingence est le principal mécanisme influençant l’évolution, et dans ce cas le structuralisme est négligeable, soit c’est le contraire, mais les deux ne peuvent cohabiter avec une influence égale. Vu que l’importance du structuralisme est à présent indéniable, les apôtres du darwinisme tentent de l’englober dans la synthèse darwinienne tout en en minimisant l’importance, mais cela aboutit à des paradoxes intenables.
Tous les darwiniens comme toi avec qui j’ai discuté se sont d’ailleurs avérés incapables de définir a priori les organismes les mieux adaptés à la survie. Peut-être ne connais-tu pas Jerry Fodor (qui est athée) ? C’est un philosophe des sciences qui découpe le darwinisme en rondelles, en commençant par dénoncer la tautologie darwinienne (comme Grassé et Chauvin, qui ne sont pas les premiers venus) : le darwinisme pronostique la survie des survivants… C’est très bien, j’ajouterais à cela que l’eau, ça mouille.
Gould avait tiré le darwinisme de ce mauvais pas en tentant de montrer la légitimité de l’analogie faite par Darwin entre la sélection naturelle et la façon dont agissaient les éleveurs pratiquant la sélection artificielle. Or cette analogie ne tient pas puisque la sélection naturelle est aveugle et sans préméditation, alors que les éleveurs sélectionnent pour des raisons bien précises, déterminées a priori. Fodor parle de la « délicieuse ironie » qu’il y a à voir les adaptationnistes, qui par définition veulent exclure toute intentionnalité des explications en biologie, faire ainsi appel à des métaphores parlant de l’intentionnalité de la nature.
Pour aller plus loin, Fodor va s’appuyer sur Gould lui-même et son fameux concept de pendentif : doit-on dire que les pendentifs existent parce qu’ils étaient nécessaires pour avoir la coupole qui, elle, a été sélectionnée par l’architecte ou que la coupole existe parce que l’architecte voulait des arcs avec des pendentifs ? Bien entendu, dans le cas des objets fabriqués par l’homme, nous savons que la première réponse est la bonne. Mais dans la nature nous dit Fodor, dans une nature où il n’y a pas d’architecte, pas d’intentionnalité, peut-on vraiment trancher ? On retrouve ici exactement l’approche de Chauvin selon laquelle le cheval a été sélectionné… parce qu’il est un cheval, un tout, et non pas à cause de tel ou tel organe spécifique.
Ainsi Fodor se demande si les ours polaires ont été sélectionnés pour leur couleur blanche ou pour les autres caractéristiques qui les adaptent à leur environnement. Selon lui, la théorie darwinienne ne peut pas faire la différence entre les raisons de la sélection d’un caractère A et de la sélection d’un caractère B, quand tous les deux sont présents dans l’animal, ce qui montre que le darwinisme N’EST PAS PREDICTIF.
On sait que les darwinistes prétendent que l’adaptationnisme est la meilleure idée qu’on ait jamais eu. Ce serait une bonne plaisanterie si la meilleure idée qu’on ait jamais eu se révélait fausse. L’histoire des sciences est remplie de ce genre de plaisanteries que la nature inflige à nos théories favorites.
Jerry Fodor, « Pourquoi les porcs n’ont pas d’ailes »
Fodor montre comment les pendentifs peuvent être extrêmement présents dans la nature. Et pas seulement des pendentifs « logiques » comme ceux qui sont nécessaires pour soutenir une coupole. Il cite des expériences sur la domestication des renards sauvages, qui permettent de comparer au bout de 40 ans les renards domestiqués avec leurs cousins restés sauvages. On voit qu’ils ont tendance à acquérir des oreilles tombantes, des poils gris, une queue courte et recourbée et des pattes courtes. Or, tous ces caractères tendent aussi à être présents chez la plupart des autres animaux domestiques, chiens, chats, chèvres et vaches. Bien évidemment, il serait absurde de se demander en quoi la queue courte et recourbée des chiens, des chats et des renards est une adaptation à un état domestique.
Ici, la situation est bien pire pour le darwinisme que dans le cas des pendentifs, parce que même s’ils n’ont pas été sélectionnés pour eux-mêmes, ils sont nécessaires pour qu’existe la coupole qui, elle, a été sélectionnée par l’architecte. Mais ici, nous sommes dans un cas équivalent à celui où toutes les cathédrales ayant des coupoles contiendraient aussi au-dessus de leur autel un Christ en croix souriant au lieu d’un Christ souffrant (les Christs en croix souriants sont très très rares). Crois-tu qu’il soit nécessaire d’avoir une statue de Christ souriant pour que puisse être bâtie une coupole ? Crois-tu que la statue du Christ en croix (c’est la vision adaptationniste) sourit chaque fois qu’il voit une coupole ?
Ce que cette expérience montre, c’est que lorsqu’on sélectionne quelque chose, ici la domestication, une série de caractères n’ayant aucun rapport, mais étant néanmoins liés à la caractéristique sélectionnée, vont se retrouver embarqués dans le même bateau, et ce non pas dans une seule espèce mais dans toute une série d’espèces, même phylogénétiquement éloignées les unes des autres, montrant là aussi un phénomène de convergence, très probablement dû à l’existence d’une cohérence générale dans les plans d’organisation ou les archétypes des êtres vivants, ici les mammifères.
Fodor conclut en disant que si la sélection naturelle n’est pas ce qui dirige l’évolution, bien des spéculations vont avoir l’air ridicules. Heureusement pour Dawkins et Dennet, le ridicule ne tue pas.
Tiel a écrit :J’ai lu l’article du Times en entier mais toi l’as-tu fais car voici ce que l’on peut notamment y lire sur les «Kernels».
Il n'y a aucune raison de penser qu'il y avait quoi que ce soit d'inhabituel dans la façon dont ce Kernel a évolué la première fois il y a quelque 500 millions d'années (avant que les oursins étoiles de mer se soient divisée en différents groupes), mais une fois le kernel formé il a verrouillé le développement sur un certain chemin. Ces événements, petits et grands, limitent la gamme des possibilités sur lesquelles la sélection naturelle peut agir. Ces questions sur le mécanisme n’avaient même pas été questionné par la synthèse moderne.
Ainsi à ta question de «comment sont apparus les «kernels» la réponse est qu’ils sont apparemment apparus par les mêmes mécanismes que n’importe quel autre gènes et/ou séquence d’ADN fonctionnel à savoir notamment mais pas seulement par duplication et divergence (ce qui ne veut bien sûr pas dire que les duplications sont directement corrélé à des grands changement phénotypiques d’autres modification génétiques sont intervenues).
Ici Douglas Erwin souligne le fait que les kernels sont représentent des contraintes qui ont déterminé les chemins possibles en matière d’Évolution y compris donc en les limitant mais il ne prétend pas que cela implique des mécanismes génétiques spéciaux bien au contraire.
Non, il ne le prétend pas, et moi non plus d’ailleurs. Je prétends certes qu’il existe des mécanismes à l’œuvre dans l’évolution dont nous n’avons pas connaissance (des mécanismes en rapport avec les saltations), mais je ne pense pas qu’il s’agisse forcément de mécanismes génétiques (mais cela demeure de l’ordre du possible). Même pour Erwin, penser que la formation des kernels s’effectue dans les mêmes conditions que les autres gènes demeure de l’ordre de la spéculation étant donné leurs spécificités par rapports aux autres gènes.
Quoi qu’il en soit, le plus important est le fait, confirmé par la citation du Times que tu produits, que le kernel enferme l’évolution dans une certaine voie et ce quelles que soient les contingences à s’appliquer sur l’organisme.
Encore une fois, l’évolution est bien soumise à la contingence (c’est une évidence), mais finalement elle arrive toujours au même résultat sur le long terme, donc l’influence de la contingence sur le résultat final semble être quasiment négligeable EN CE QUI CONCERNE LES CHANGEMENTS D’ESPECES.
Bien évidemment, concernant les micromutations, type adaptation des moustiques au DDT, la contingence retrouve toute sa place. Mais ce sont des adaptations à la marge, et ce qui nous intéresse ici est l’apparition de nouveaux plans d’organisation et de nouvelles espèces. Là, l’influence de la contingence est négligeable.
Tiel a écrit :Par ailleurs ce qu’il dit là rejoint ce que Stephen Jay Gould avait lui-même soulevé dans son livre La Vie Est Belle à savoir qu’à partir du cambrien des contraintes structurales particulières ont vu le jour et allaient avoir un impact sur l’Évolution de tous les organismes à venir, rien qui ne soit une remise en cause du paradigme «darwinien» dans l’Évolution car ce que tu appelles «archétype» n’a pas à être apparu par des mécanismes autres en matière de modifications génétiques et de sélection, simplement que l’apparition de certaines caractéristiques, ici des plans de développement morphologiques, ont mis en place des contraintes structurales qui allaient par la suite contraindre l’évolution avenir. Mais cela ne veut pas une réfutation ni du paradigme sélectif ni même d’une évolution contingente
Non, ce serait se voiler la face en oubliant beaucoup d’éléments que j’ai déjà exposé, auxquels on peut ajouter le cas de la thimidilate synthetase (cf travaux JF Morel). Cette enzyme qui réalise une synthèse importante se trouve dans sa forme dite A dans 80% des êtres vivants. Mais il existe une forme X qui réalise la même synthèse en utilisant une autre réaction chimique et en étant composée de sous-unités n’ayant rien en commun avec la forme A.
Les deux formes sont retrouvées dans tous les règnes, embranchements et classes du vivant, et leur répartition, selon Morel, échappe à toute hypothèse phylogénétique, c’est-à-dire qu’on ne peut pas imaginer que la forme A soit le système normal et qu’ensuite elle ait muté, donnant pour 20% des êtres vivants la forme X. Car les formes A et X sont incroyablement mélangées. Par exemple, la souris possède la forme A, alors que le rat possède la forme X. Il faudrait alors imaginer que la forme A ait muté des dizaines de fois pour produire la forme X. Mais la probabilité d’obtenir un tel système est d’une chance sur 8x10^17… Bien évidemment, il est complètement impossible qu’un tel événement se produise des dizaines de fois au cours de l’évolution.
Et la thimidilate n’est pas la seule dans ce cas. Une autre enzyme, la triptophane, effectue elle aussi une synthèse importante pour les êtres vivants. Elle existe, elle aussi, sous deux formes, A et B. Là encore, les formes sont mélangées dans l’arbre du vivant de telle façon qu’on ne puisse pas imaginer que l’une soit la forme normale et que l’autre soit une forme mutante qui en est issue, mais cette fois-ci, la probabilité de constitution d’une de ces formes est de un sur 10^48.
Bien évidemment, ce ne peut pas être grâce à la sélection naturelle que de telles structures sont apparues de façon répétées au cours de l’évolution.
Tiel a écrit :Ah ce qu’à dit Davidson ça me fait doucement marré déjà qu’entend-t-il par néodarwinisme le fait de penser que l’évolution se base uniquement sur la sélection naturelle ? Ben si il pense ça il à au moins cinq trains de retard m’enfin bon pas grave, il faut dire que l’article du Boston Globe est tout simplement à [ATTENTION Censuré dsl].
Ne dis pas des choses comme ça Tiel, ce que tu dis n’est pas scientifique, c’est un procès d’intention à l’encontre d’une personne à qui tu n’as absolument rien à apprendre dans ce domaine. Par « néodarwinisme » il entend bien-sûr la TSE (la synthèse moderne), et tu critiques l’article du Globe parce qu’un scientifique ose y critiquer la TSE et la (quasi) toute puissance qu’elle donne à la contingence. Pas la peine d’être désobligeant à son encontre pour cette simple raison, ou je vais croire que ce n’est pas l’esprit scientifique qui t’anime, mais l’idéologie.
Tiel a écrit :Mais revenons plutôt à du concret à savoir sur la manière dont les gènes du développement ont pu apparaitre. Il faut tout d’abord bien comprendre qu’ils ne sont bien sûr pas apparus de rien et qu’ils ont évolué à partir de gènes précurseurs qui ont eu tout le temps d’évoluer avant le cambrien. Comme le dit Douglas Erwin les «Kernels» n’ont pas eu à demander des processus autres que ceux déjà connus en matière d’apparition de nouveaux gènes, la question est donc plutôt de se poser qu’est ce qui a bien pu permettre à des organismes plus complexes de prospéré alors que ce n’était pas le cas avant ou tout du moins pas autant le cas. Car les «kernels» en question ont pu apparaitre simplement par modification de séquences préexistantes qui ne présentaient pas encore une rigidité interdisant toute modification comme cela allait l’être une fois que ces séquences alors modifiés constitué de véritables «noyau du développement» à savoir des «Kernels».
En fait les ancêtres communs des bilatériens devaient avoir une gamme d’Évolution possibles bien très large avec donc des spécialisations phénotypiques multiples qui se sont alors exprimé avec l’évolution de ces fameux «Kernels» et donc avec la faune de la période cambrienne comprenant une grande disparité en matière de morphologie. Mais l’évolution n’était alors pas toutes tracée pour autant car rien n’était encore joué sur les plans d’organisations qui survivraient, les chordés auraient très bien pu disparaitre. Cela a du encore être plus vrai avant l’apparition des dits «Kernels».
Mais surtout même si les «Kernels» sont mettent des contraintes elles ne ferment pas la porte à l’apparition de nouvelles possibilité en matière d’évolution, les chordés nous le montrent bien. Une fois les chordés apparus toutes sortes d’innovations différentes sont apparus, et c’est encore plus vrai chez les arthropodes qui ont survécut au cambrien. Les contraintes structurales des arthropodes et des vertébrés les ont mené sur des chemins très différents mais a également été suivit d’innovation totalement nouvelles via diverses possibilités ouvertes totalement, le tout entrant également dans le cadre d’une évolution contingente.
Tu ne fais que spéculer, la vérité est qu’on n’en sait rien. Tu es à la limite du concordisme en voulant systématiquement mettre de la contingence dans toutes les énigmes relatives à l’évolution. J’ai pour ma part toute confiance dans la science pour lever le voile sur la formation des kernels, et je suis prêt à parier que ce sera un énième coup dur pour la contingence.
Tiel a écrit :Pour le reste si par «darwinisme» tu entends la sélection naturelle et de son importance dans l’évolution oui ce n’est pas très malin que d’en nier l’importance, il ne faut certes pas non plus se limiter à cette seule explication mais cela ne signifie pas que ce n’est pas là un point très important en matière d’évolution qui ne serait donc être ignoré.
L’évidence montre que plus nos connaissances progressent en matière d’évolution, plus l’influence de la contingence s’avère limitée. Je répète en outre que j’appelle « darwinisme », ou « néodarwinisme », la synthèse moderne officiellement nommée « théorie synthétique de l’évolution ». C’est UNE théorie de l’évolution, ce n’est pas LA théorie de l’évolution.