difficile de lire 25 pages pour répondre
mais dans les premières une distinction me semble important à faire entre
1) être Athée qui est une position personnelle qui a pour point commun entre tous ceux qui se disent l'être de rejeter les conceptions et théories issus des religions pour expliquer la Vie et les interactions humaines
2) l'athéisme auquel on ajoute un suffixe "isme" pour lui donner une définition, un sens idéologique ou dogmatique , alors que justement être athée c'est le contraire d'une définition dogmatique d'une forme de pensée
se référer de "l'athéisme" c'est entrer dans le même prisme de réflexion que les croyants qui imaginent qu'un athée croit en quelque chose qui s'appelle "hasard" ou "homme" ou "philosophie" ou "science" ou ... (parce qu'ils sont incapable bien souvent d'imaginer possible de ne pas croire en une chose, à laquelle on accorde une valeur de choix et de raisonnement.) pour beaucoup, l'athée se ment à lui même (d'ailleurs la Bible dit que Dieu a mis en l'homme la pensée de l'éternité, comme la Bible ne peut pas "mentir", c'est l'athée qui "ment" en disant ne croire en rien)
pour un croyant, croire signifie porter sa confiance sur une "chose ou un être" qui a une volonté propre, qui engendre un "isme" à la conception qui en découle pour savoir de quoi on parle.
être athée ne veut en ce sens vraiment pas dire se référer à "l'athéisme", être athée n'est pas un dogme ou une idéologie, juste le fait de ne pas croire en Dieu ce qui n'a pas besoin de se théoriser
et ce n'est pas parce que des "ismes" (comme le communisme) ont dogmatisé la pensée en intégrant "l'athéisme", que être athée signifie avoir besoin de dogmatiser sa réflexion en théorie athéiste