J'ai consulté le papier en question (il y a longtemps). Le problème est que la notion même d'histoire religieuse n'est pas claire. En fonction des différentes acceptions, cela devient plus ou moins problématique dans une perspective d'enseignement.
1.
Histoire religieuse : considérer la religion en tant que phénomène inscrit dans un contexte historique avec lequel elle entretient des relations d'influence, donc au même titre que l'agriculture, l'art, les sciences, les technologies, etc. (Approche externe et externalisée.)
2.
Histoire religieuse : histoire spécifique de religions encore actives de nos jours, envisagées selon les grands événements qui eurent un impact sur leurs contenus et leur pratique. (Approche externe et internalisée.)
3.
Histoire religieuse : l'Histoire, telle qu'elle apparaît à l'aune des religions encore actives de nos jours. (Approche interne et internalisée.)
4.
Histoire religieuse : ensemble des éléments constitutifs des religions envisagés dans leur caractère documentaire pour une étude historique possible. (Approche interne et externalisée.)
Le cas 1 est déjà pratiqué. Les élèves de 6e, par exemple, étudient comment le culte des dieux égyptiens participait de la vie culturelle et quotidienne de la société dans laquelle il s'inscrivait. Ceux de 5e envisagent la place de l'église chrétienne, principalement catholique, au sein de la société au Moyen-Âge européen (rôle du clergé, royauté de droit divin, etc.). Et ainsi de suite.
Notons que ça ne pose de problème à personne. Donc s'il y a débat, c'est forcément selon une autre acception.
Le cas 2 est gênant, car il demanderait beaucoup de connaissances historiques en amont sans lesquelles il ne se distinguerait pas du cas 3 (v. plus bas). Au niveau de l'enseignement secondaire, le temps qu'il faudrait consacrer pour le faire sérieusement n'est pas envisageable.
Le cas 3 est encore plus gênant, pour deux raisons principales : il ne s'accompagne pas des outils permettant un élargissement critique du point de vue et laisse le champ libre à toute attitude prosélyte (et ferait le lit du créationnisme, entre autres). Il est donc à exclure totalement.
Le cas 4 est le fameux "Enseignement du fait religieux". Il semble être celui sous-entendu par l'article du Monde (je n'ai pas lu la revue Notre Histoire). Le problème viendrait alors que la confusion possible des statuts des discours. Car la croyance qu'il existe des fées (encore très présente au 19e s.) ou celle que la Terre est plate (active jusqu'au 17e s.) ont selon cette approche exactement le même statut historique. Le problème viendrait alors des susceptibilités religieuses qu'un tel discours devrait éveiller, rendant la tâche de l'enseignant d'autant plus difficile que le travail critique en amont, selon l'approche 1, risque de pâtir de ce surcroît de travail. (Car il faut être très clair : il est inutile d'escompter dans les années à venir un accroissement des heures hebdomadaires allouées à l'enseignement de l'histoire. Le contexte ne s'y prête absolument pas.)
Je renvoie sinon les lecteurs à cette page sur Internet, qui a le mérite de mettre le problème à plat (et qui plus est de citer le fameux rapport Debray, tant critiqué par ceux qui ne l'ont pas lu) :
http://atheisme.free.fr/Religion/Enseig ... igieux.htm